Der gebürtige Berliner, der Mitte der 60er Jahre wegen Verweigerung des Waffendienstes und des Gelöbnisses in den waffenlosen Baueinheiten der Nationalen Volksarmee acht Monate in DDR-Haft war, gehörte im Herbst 1989 zu den Mitbegründern der Partei "Demokratischer Aufbruch". In der letzten DDR-Regierung war er Minister für Abrüstung und Verteidigung.
Eppelmann wurde am 12. Februar 1943 als Sohn eines Zimmermanns und einer Schneiderin in Berlin geboren. Nach einer Maurerlehre studierte er evangelische Theologie und war danach 15 Jahre Pfarrer der Ost-Berliner Samaritergemeinde. In dieser Zeit trat er in zahlreichen Aktionen, Erklärungen und Veranstaltungen für Freiheit und Demokratie sowie für Frieden und Abrüstung ein.
Nach der Wiedervereinigung war Eppelmann von 1990 bis 2005 Mitglied des Deutschen Bundestags, wo er in den 90er Jahren die Enquete-Kommission zur Aufarbeitung der Geschichte und Folgen der SED-Diktatur leitete. Auf Empfehlung der Kommission wurde 1998 die Bundesstiftung Aufarbeitung gegründet, deren ehrenamtlichen Vorsitz Eppelmann seitdem innehat. Ab 1994 war er zudem Bundesvorsitzender der Christlich-Demokratischen Arbeitnehmerschaft (CDA), deren Ehrenvorsitzender er heute ist.