Zum neuen Archivar und Bibliothekar der katholischen Kirche ernannte der Papst Kurienerzbischof Jean-Louis Bruguès. Bislang galt auch Müller als Kandidat für das Amt, falls er nicht zum neuen Präfekten der vatikanischen Glaubenskongregation ernannt werden sollte. Zum neuen Präsidenten des päpstlichen Familienrats wurde der italienische Bischof Vincenzo Paglia ernannt.
Darüber hinaus berief der Papst einen Vizepräsidenten für die Kommission "Ecclesia Dei", die für den Dialog mit der erzkonservativen Priesterbruderschaft St. Pius X. zuständig ist. Der amerikanische Dominikanerpater Joseph Augustine Di Noia war bislang als Sekretär der vatikanischen Kultuskongregation zuständig. Er galt ebenso wie Müller als möglicher Nachfolger des Präfekten der Glaubenskongregation, Kardinal William Levada, der seinen Rücktritt eingereicht hat.
"Für Dialog mit Traditionalisten geeignet"
Die Glaubenskongregation betonte, die Ernennung von Kurienerzbischof Di Noia zeige das starke Interesse des Papstes an einer Aussöhnung mit der traditionalistischen Piusbruderschaft. Als Vertreter einer Auslegung des Zweiten Vatikanischen Konzils in einer Perspektive der Kontinuität sei der Theologe besonders für den Dialog mit den Traditionalisten geeignet.
Die Priesterbruderschaft St. Pius X. entstand aus Protest gegen die Reformen des Zweiten Vatikanischen Konzils (1962-65). Mit der Ernennung von vier Priestern zu Bischöfen spalteten sich die Traditionalisten 1988 von der katholischen Kirche ab. Im selben Jahr gründete Papst Johannes Paul II. die Kommission "Ecclesia Dei", die eine Aussöhnung mit der Bruderschaft herbeiführen sollte. Papst Benedikt XVI. unterstellte die Kommission 2009 der Glaubenskongregation.