Zur Abspaltung der ostdeutschen Landeskirchen kam es nach Worten des Hallenser Theologen und ehemaligen Bischofs, Axel Noack, wegen des politischen Drucks des SED-Regimes. "Es gab eine strikte Erwartungshaltung des Staates auf die Trennung von der gesamtdeutschen EKD", sagte Noack dem Evangelischen Pressedienst (epd). Für die Geschichte der evangelischen Kirchen in Deutschland bedeutete der 10. Juni 1969 einen historischen Einschnitt.
In den Landeskirchen der DDR habe es aber auch Bestrebungen gegeben, die Kirche in der DDR stärker zu einen, um einen gemeinsamen Gesprächspartner für Verhandlungen mit der DDR-Regierung zu haben, sagte Noack, der als Bischof der Evangelischen Kirche der Kirchenprovinz Sachsen selbst Mitglied des Leitungsgremiums des Bundes war - der Konferenz der Kirchenleitungen des Bundes der evangelischen Kirchen in der DDR. Die staatsoffizielle Anerkennung des Bundes erfolgte erst im Jahr 1971.
Als Bund der Evangelischen Kirchen in der DDR hatte er 22 Jahre Bestand. Am 27. Juni 1991 stellte er seine Arbeit in Folge der Wiedervereinigung offiziell ein. Die ostdeutschen Landeskirchen wurden wieder Gliedkirchen der EKD.
Die Entstehung des Bundes war begleitet von politischen Turbulenzen. Die SED-Führung setzte damals auf strikte Abgrenzung nach Westen. Die Kirchen hingegen lebten seit 1948 unter dem Dach der EKD. Daran hatte sich auch nach dem Mauerbau 1961 zunächst nichts geändert. Damit standen die Kirchen in der DDR im Verdacht, sie ließen sich von der EKD steuern. Der politische Druck durch die neue DDR-Verfassung von 1968 zwang die Landeskirchen in der DDR schließlich dazu, sich eigenständig zu organisieren.
Am 10. Juni 1969 wurde mit der Unterzeichnung der Ordnung des neuen Kirchenbundes die rechtlich-organisatorische Trennung von der EKD vollzogen. Allerdings wird in der Ordnung des Kirchenbundes ausdrücklich das Bekenntnis "zu der besonderen Gemeinschaft der ganzen evangelischen Christenheit in Deutschland" unterstrichen.
Das Sekretariat des Bundes in der Ost-Berliner Auguststraße vermittelte unter anderem auch bei Konflikten mit staatlichen Stellen. Zudem war das Büro in der Auguststraße Treffpunkt für Ost-West-Begegnungen sowie Anlaufstelle für westdeutsche Politiker, die bei offiziellen DDR-Besuchen den Kontakt zur Kirche suchten.
