Die Jüdische Gemeinde Potsdam und die Potsdamer Synagogengemeinde werden das Zentrum nach der Fertigstellung gemeinsam als Israelitischer Kultusgemeindebund Potsdam betreiben, wie es hieß. Die Pläne sollen am Mittwoch vorgestellt werden. Der Bau einer neuen Synagoge in Potsdam wird bereits seit Jahren geplant, die Finanzierung will das Land sichern. Das Bauprojekt wurde jedoch 2011 von der Landesregierung gestoppt, weil sich die verschiedenen jüdischen Gemeinden nicht über die Gestaltung und die Nutzung der Synagoge einigen konnten. Nun wollen die Vorsitzenden der beiden Gemeinden, Mykhaylo Tkach und Ud Joffe, und die brandenburgische Kulturministerin Martina Münch (SPD) am Mittwoch eine Vereinbarung zum Bau und Betrieb der Synagoge unterzeichnen.
Im Staatsvertrag von 2005 zwischen dem Land Brandenburg und dem Jüdischen Landesverband ist vereinbart, dass das Land den Bau einer Synagoge in Potsdam unterstützt. Die Baupläne wurden nach einem öffentlich ausgeschriebenen Architektenwettbewerb 2009 beschlossen. Geplant war damals, das Bauwerk bis 2012 fertigzustellen.
Kritiker hielten den Entwurf mit schlichter Fassade jedoch für unangemessen für ein sakrales Bauwerk und sahen Religionsvorschriften verletzt. Befürchtet wurde auch, die Synagoge könnte sich zu einem russischen Kulturzentrum entwickeln, in dem religiöse Fragen nur eine untergeordnete Rolle spielen, weil der Jüdischen Gemeinde Potsdam überwiegend Zuwanderer aus der ehemaligen Sowjetunion angehörten. Während des Streits über das Bauvorhaben wurde dann 2010 die neue Potsdamer Synagogengemeinde gegründet.
Die historische Potsdamer Synagoge überstand zwar die Novemberpogrome 1938, wurde jedoch bei einem alliierten Luftangriff auf den Potsdamer Hauptbahnhof im April 1945 zerstört und später abgerissen. In der DDR wurde am historischen Standort ein Wohnhaus errichtet. Dort erinnert heute eine Gedenktafel an die Synagoge.