"Integrationspolitik ist Gesellschaftspolitik, die alle angeht", sagte Lilie laut Manuskript am Sonntag beim Neujahrsempfang der Evangelischen Akademie Bad Boll bei Göppingen. Der Präsident führte die "furchterregende Zunahme rechter Gewalt" in Deutschland unter anderem auf die mangelnde Unterstützung für ärmere Bevölkerungsschichten zurück und zitierte die Schriftstellerin Daniela Krien: "Wir integrieren die Verlierer nicht. Aber wir erwarten von ihnen, dass sie Flüchtlinge integrieren." Lilie warb für einen Wohnungsbau, der mehrere Generationen und unterschiedliche Milieus zusammenbringt.
Von Flüchtlingen, die in Deutschland bleiben wollen, darf nach Ansicht des Diakonie-Präsidenten erwartet werden, dass sie die deutsche Sprache lernen und das Grundgesetz und das Strafrecht akzeptieren. "Wir dürfen von ihnen auch verlangen, dass sie mit ihrer Religiosität einen Platz in unserem säkularen Gemeinwesen finden." Migranten müssten verstehen, dass der Sozialstaat nur aufgrund tagtäglicher Anstrengungen aller Bürger funktioniere.
Die Europäische Union sieht Lilie angesichts der Herausforderung durch Flüchtlinge in einer Krise. Von den 160.000 Flüchtlingen, die aus Italien und Griechenland in andere EU-Länder geschickt werden sollen, seien bis Ende 2015 nur 184 verteilt worden. Von elf geplanten "Hotspots", in denen Flüchtlinge registriert werden, seien bislang nur zwei in Betrieb. Eine rückschrittliche, nationalistische Politik sorge dafür, dass die EU-Außengrenze zur "tödlichsten Grenze der Welt" geworden sei, die im vergangenen Jahr alleine auf dem Mittelmeer mehrere Tausend Menschen das Leben gekostet habe, kritisierte der Präsident.