Das Projekt ist unter anderem wegen der Geschichte der Kirche umstritten. Am "Tag von Potsdam" am 21. März 1933 nutzten die Nationalsozialisten die Kirche zur Inszenierung der Eröffnung des neu gewählten Reichstags.
Nach aktuellen Planungen soll zunächst der Kirchturm gebaut werden. Er sei davon überzeugt, "dass schon durch die architektonische Gestaltung sichtbar werden sollte, dass nicht einfach das Alte wiederhergestellt wird", sagte Dröge. Das Konzept müsse neben der historischen Kontinuität durch den Wiederaufbau des Turmes auch den Bruch mit der Tradition zum Ausdruck bringen: "Denn ein neuer Geist braucht auch ein erkennbar neues Haus!"
Versöhnungszentrum und Friedensarbeit
Die 1735 eingeweihte Potsdamer Garnisonkirche wurde 1945 bei einem Luftangriff zerstört, die Ruine wurde 1968 gesprengt. Seit den 1990er Jahren laufen Bemühungen für den Wiederaufbau, 2005 wurde der Grundstein gelegt, 2008 die kirchliche Baustiftung gegründet.
Bischof Dröge sagte, die Kirchenleitung habe von Anfang an die Pläne zum Wiederaufbau der Garnisonkirche wohlwollend begleitet und sich hinter das Konzept eines Versöhnungszentrums an diesem Ort gestellt. Die Kirche betreibt am historischen Standort in einem kleinen Neubau ein Zentrum für Friedens- und Versöhnungsarbeit.