Nicht jeder müsse die Ansicht des Bischofs teilen, sagte Michael Diener in einem Interview mit dem christlichen Medienmagazin pro. "Aber es geht nicht an, dass die reflektierte und begründete Entscheidung eines kirchlichen Verantwortungsträgers, sich in einem Kuratorium eines islamischen Zentrums bewusst als Christ einzubringen, derartig mit Entrüstung und Pauschalisierungen begleitet wird."
Die Konferenz Bekennender Gemeinschaften in Deutschland hatte die Bereitschaft des bayerischen Landesbischofs, im Kuratorium des geplanten Münchner Islamzentrums mitzuwirken, als "Zumutung" bezeichnet. Der Bischof lasse sich als "Islamversteher" von den Muslimen instrumentalisieren, hatte der Vorsitzende und Hamburger Pastor Ulrich Rüß gesagt. Bedford-Strohm stelle sich damit gegen das 1. Gebot ("Du sollst nicht andere Götter haben neben mir") und werbe für eine Form des Islam. Mit seinem Engagement für liberale Muslime befördere der Bischof "religiöse Verwirrung und die Gefahr der Religionsvermischung", kritisierte Rüß.
Heinrich Bedford-Strohm hatte seine Entscheidung auf Facebook verteidigt. Natürlich stehe er "leidenschaftlich" für den christlichen Glauben und setze sich "genau aus dieser Motivation heraus … für ein friedliches Miteinander der Religionen ein". Er wolle "mit offenen Armen auf andere Menschen zugehen und die Orientierung an der Menschenwürde, die wir zu Recht von religiösen Traditionen erwarten dürfen, genau dadurch selbst ausstrahlen, dass wir sie als Menschen achten und wertschätzen", so Bedford-Strohm.
Aus Sicht des Allianz-Vorsitzenden gibt es durchaus relevante Kritikpunkte, wenn beispielsweise über fragwürdige Finanzierungsmodelle und Ziele des Islamzentrums diskutiert werde: "Diese sachliche Kritik ist aus meiner Sicht fundierter als das, was ich zum Teil von evangelikaler Seite höre", sagte Michael Diener. "Da ist es doch so, dass oft jede Form von Dialog, Gespräch, Zusammenarbeit mit Nichtchristen – vor allem mit Muslimen – von vornherein kategorisch abgelehnt wird."
Diener äußerte in dem Interview die Überzeugung, dass die Gottesbilder des christlichen Glaubens und des Islams "nicht identisch" seien. Dennoch gebe es in Sachfragen Übereinstimmungen mit Muslimen und das gemeinsame Wissen um eine Verantwortung des geschaffenen Menschen vor einer höheren Instanz: "Wenn sich vor diesem Hintergrund ein Bischof entscheidet, in einem Kuratorium mitzuarbeiten, das sich auch für die Verständigung zwischen Religionen einsetzen will, dann finde ich das wichtig und gut." Hier gehe es "nicht um Religionsvermischung, sondern um Verständigung".