In sechsjähriger Bauzeit wurde ein Instrument geschaffen, das klanglich und optisch der Katharinen-Orgel aus dem 17. Jahrhundert gleicht. Rund 4.500 Pfeifen in 61 Registern wurden eingebaut und intoniert. Die Kosten von 3,2 Millionen Euro hat die Gemeinde allein aus Spenden aufgebracht.
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Die Hamburger Bischöfin Kirsten Fehrs verwies in ihrer Predigt auf den imposanten Klang der Orgel und hob die Bedeutung der Musik im kirchlichen Raum hervor. Die Musik sei oft für Menschen die Stimme, "die die aufgewühlte Seele erreicht mit Gottes Wort und seinem Trost".
Im 17. Jahrhundert galt Hamburg als europäische Hochburg der Kirchenmusik und St. Katharinen besaß eine der größten und schönsten Orgeln weltweit. Johann Sebastian Bach lobte "die Schönheit und Verschiedenheit des Klanges dieser Rohrwerke". Im 18. Jahrhundert ließ die Orgel-Begeisterung jedoch nach. Während der französischen Besetzung wurde St. Katharinen 1813/14 als Pferdestall genutzt.
500 Pfeifen zum Teil aus dem Mittelalter
Am 30. Juli 1943 brannten Innenstadt und Kirche nach Bombenangriffen der Alliierten aus. Knapp ein Drittel der historischen Pfeifen und einige Windladen konnten gerettet werden. Der Wiederaufbau nach dem Krieg war jedoch offensichtlich mangelhaft. So wurde in den 80er Jahren beschlossen, die Orgel klanglich und optisch originalgetreu zu rekonstruieren.
Von den rund 500 erhaltenen Pfeifen stammt ein Teil noch aus dem Mittelalter. Die Dokumentationslage war sehr gut, weil neben zeitgenössischen Beschreibungen von 1720 auch eine komplette Maßzeichnung des Orgelprospekts mit zahlreichen Fotos erhalten ist.
2005 wurde die "Stiftung Johann Sebastian - ein Orgel für Bach" gegründet und die niederländische Orgelbaufirma Flentrop beauftragt. Hauptförderer war die Powalla Bunny's Stiftung. Die kleinste Pfeife misst einen Zentimeter, die größte mehr als zehn Meter. Katharinen-Kantor Fischer plant, innerhalb von drei Jahren das gesamte Orgelwerk von Johann Sebastian Bach aufzuführen.
Nicht nur die Orgel, auch die Kirche ist mittlerweile saniert. 23 Millionen Euro wurden investiert, 20 Monate lang war die Hauptkirche komplett gesperrt. Am 1. Advent 2012 feierte die Gemeinde die Einweihung. St. Katharinen lag seit Ende des 19. Jahrhunderts direkt an der Grenze zum Hamburger Freihafen. Mit dem Baubeginn der Hafencity 2001 hat St. Katharinen zusätzlich zum umliegenden Wohnquartier ein neues wachsendes Gemeindegebiet dazubekommen. Bis 2020 sollen hier rund 12.000 Menschen wohnen und etwa 40.000 arbeiten.
