Wie der Vatikan am Montagabend mitteilte, verharrte er anschließend in der benachbarten Cappella Clementina im stillen Gebet. Bei dem den Angaben zufolge ersten Besuch eines Papstes in der Gräberstadt unter dem Petersdom erwies Franziskus überdies in den sogenannten vatikanischen Grotten den dortigen Gräbern seiner Vorgänger aus dem vergangenen Jahrhundert die Ehre.
Franziskus ist nach katholischer Überlieferung der 265. Nachfolger des Apostels Petrus. Dessen Grab befindet sich direkt unterhalb des Hauptaltars des Petersdoms. Die Ausgrabungen unter der Basilika werden jedes Jahr von zahlreichen Touristen besucht. Sie sind nur nach Voranmeldung zugänglich. Der Papst begab sich den Angaben zufolge nach dem Besuch des Petrusgrabs zu Fuß in das vatikanische Gästehaus Sanctae Marthae, das er anstatt der päpstlichen Gemächer im Apostolischen Palast als seinen Wohnort gewählt hat.
Der Petersdom gehört wegen seiner Lage über dem Grab des Apostels Petrus zu den wichtigsten Kirchen der Christenheit. Der Vorgängerbau stammt aus der Zeit von Kaiser Konstantin. Der römische Herrscher, der die Christen nach Jahrhunderten der Verfolgung als erster offiziell anerkannte, ließ im Jahr 324 an dem Ort eine erste Kirche errichten, an dem das Grab des Apostelfürsten vermutet wurde.
