Der Vorsitzende der katholischen Deutschen Bischofskonferenz, der Freiburger Erzbischof Robert Zollitsch, würdigte Müllers "unermüdliches Engagement" für die Menschen im Bistum und in der Ökumenekommission der Bischofskonferenz. In besonderer Weise habe Müller der Austausch mit der Orthodoxie in Deutschland am Herzen gelegen, sagte Zollitsch. Anfang Juli 2012 hatte Papst Benedikt XVI. Müller zum Präfekten der Kongregation für die Glaubenslehre im Vatikan ernannt und in den Rang eines Erzbischofs erhoben.
Der Vorsitzende der Bischofskonferenz hob in seinem Grußwort die Leistungen Müllers in der theologischen Wissenschaft hervor. "Wer Dich predigen hört, weiß Dein theologisches Denken zu schätzen und Deine mahnenden und in Gesellschaft und Politik hineinwirkenden Worte ernst zu nehmen", sagte Zollitsch laut Manuskript. Auch die evangelischen Kirchen seien Müller ein Anliegen gewesen, betonte Zollitsch.
