Vor allem die Kindertaufe stellen die Freikirchen infrage. Im März 2019 fand dazu eine Dialogtagung in der Theologischen Hochschule in Reutlingen statt, deren Ergebnisse in einer epd-Dokumentation nachzulesen sind. Die jüngst erschienene Dokumentation „Neue Perspektiven auf die Taufe - Erfahrungsaustausch der Vereinigung Evangelischer Freikirchen e. V. (VEF) und der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD)“ bündelt nach einer EKD-Mitteilung den Diskussionsstand der gleichnamigen Tagung. Die Tagung hatte ein zweifaches Ziel, was in den theologischen Differenzen im Taufverständnis und den daraus resultierenden Auseinandersetzungen zwischen ihren institutionellen Repräsentanten, einerseits den evangelischen Freikirchen und andererseits den Gliedkirchen der EKD, begründet war.
Ziel war nicht nur der Erfahrungsaustausch und die theologische Reflexion, sondern auch, dem Versöhnungsprozess von VEF und EKD weiterführende Impulse zu geben. Die unterschiedlichen Taufverständnisse, die Mündigentaufe in den Freikirchen, die Säuglingstaufe in den Landeskirchen, markieren nicht nur theologische Differenzen, sondern sie waren über Jahrhunderte auch Grund für erbitterte Auseinandersetzungen und Feindschaft zwischen Landes- und Freikirchen bis hin zu Verfolgungen der Freikirchen.
Daher lag es in der Absicht der Tagungsorganisatoren, dem Präsidenten der VEF, Pastor Christoph Stiba, und der Leiterin der Hauptabteilung Ökumene und Auslandsarbeit der EKD, Bischöfin Petra Bosse-Huber, „Impulse zur Versöhnung“ zwischen den Kirchen der VEF und der EKD zu geben und den Versöhnungsprozess in der Tradition der „Heilung der Erinnerung“ voranzubringen. Neben den Erfahrungsberichten aus den Kirchen lag der Fokus der theologischen Betrachtung darauf, die Tauftheologie im Horizont der vielfältigen und verschiedenartigen gemeindlichen Kontexte und Praktiken zu reflektieren. Die theologische Überwindung der überkommenen exklusiven und damit ausschließenden Taufverständnisse war dabei gleichzeitig ein Schritt zur Überwindung der institutionellen Gegnerschaft durch die wechselseitige „anerkennende Wahrnehmung“ und Wertschätzung der beteiligten Kirchen.