Dem Beirat gehören zudem mit Lydia Nofal vom Zentralrat der Muslime, Mohammad Djavad Mohagheghi von der Islamischen Gemeinschaft der schiitischen Gemeinden Deutschlands (IGS) und Mustafa Özdemir von der Islamischen Föderation in Berlin drei Vertreter muslimischer Verbände an. Ferner wurden die Islamwissenschaftlerin Schirin Amir-Moazami von der Freien Universität Berlin und ihr Fachkollege Jamal Malik von der Universität Erfurt in das Gremium berufen.
Die konstituierende Sitzung des Beirates ist zu Beginn des Sommersemesters geplant. Das neue Islam-Institut wird zum Wintersemester 2019/20 seinen Betrieb aufnehmen. Als erstes Islamisches Institut an einer deutschen Universität werde das Berliner Institut sunnitische und schiitische Theologie im Vergleich anbieten, hieß es. An ihm werden muslimische Religionslehrer und Imame ausgebildet.
An der Zusammensetzung des Instituts-Beirates, der unter anderem das Vorschlagsrecht für Berufungen hat, gab es wiederholt Kritik. So kritisierten die Berliner Rechtsanwältin und Moschee-Gründerin Seyran Ates und die Berliner CDU, dass ausschließlich konservative Islamverbände in dem Gremium vertreten sind und liberale muslimische Stimmen fehlen. Der türkische Islamverband Ditib hatte seine Mitarbeit wegen zu geringer Mitspracherechte vergangenes Jahr aufgekündigt.
Laut Medienberichten wurde der erste von der Islamischen Gemeinschaft der schiitischen Gemeinden vorgeschlagene Kandidat für den Beirat vom Verfassungsschutz als "bedenklich" eingestuft. Die schiitische Gemeinschaft habe daraufhin einen neuen Kandidaten aufgestellt. Nach Angaben des Berliner Senats wurden alle für den Beirat vorgeschlagenen fünf muslimische Mitglieder durch die Sicherheitsbehörden des Bundes überprüft.
