Am Dienstag wurden die ersten Pfeifen ausgebaut. Im Frühjahr 2021 soll die Orgel dann wieder erklingen. 1,7 Millionen Euro werden für die Sanierung veranschlagt. Die Gemeinde sucht derzeit Paten für die Pfeifen.
Einige der 2.731 Pfeifen stammen aus dem frühen 15. Jahrhundert und zählen damit nach Angaben der Gemeinde zu den ältesten weltweit. Frühester Beleg ist ein Schriftstück aus dem Jahr 1436. Seitdem wurden zahlreiche Erweiterungen, Umbauten und Restaurierungen vorgenommen. Namensgeber waren die Orgelbaumeister Jacob Scherer, der Mitte des 16. Jahrhunderts an der Orgel arbeitete, und Christoph Julius Bünting, der Mitte des 18. Jahrhunderts folgte.
Die Gottesdienste sollen in den nächsten drei Jahren mit der Truhenorgel oder dem E-Piano begleitet werden. "Wir werden unsere Orgel vermissen", sagte Gemeindepastor Matthias Lage. Kantor Timo Neumann kündigte die Gründung eines neuen Chores an, der den Gesang im Gottesdienst verstärken soll. Die Orgel sei ein Wahrzeichen der Stadt, erklärte Bürgermeister Jan Wiegels, Patron der St. Nicolai-Kirche.
Ziel der Arbeiten ist die Anlehnung an das historische Konzept von Orgelbaumeister Bünting. Beauftragt wurde mit der Sanierung die Firma Flentrop im niederländischen Zaandam. Ihre letzten großen Projekte waren die Arbeiten an der Jakobi-Orgel in Lübeck und der Neubau der Bach-Orgel in der Hamburger Hauptkirche St. Katharinen. Parallel werden Baumaßnahmen in der St. Nicolai-Kirche durchgeführt, um die Tragekonstruktion für die Orgel zu stabilisieren.
Mit 85 Prozent ist ein Großteil der Finanzierung bereits gesichert. So haben der Bund 600.000 Euro, das Land 300.000 Euro, der Kirchenkreis 150.000 Euro und die Stadt Mölln 100.000 Euro zugesagt. Der Orgelbauverein konnte bislang knapp 300.000 Euro sammeln.