Der Vorsitzende des AfD-Landesverbandes Niedersachsen, Armin-Paul Hampel, rief zum Kirchenaustritt auf: "In dem Verein sollte keiner von uns mehr Mitglied sein, das sollten wir durch unseren Austritt dokumentieren." Zuvor hatte die AfD-Parteichefin Frauke Petry "hässliche, abwertende, und polarisierende Bemerkungen" der Kirchen gegenüber der Partei kritisiert. Fakten seien dabei ausgeblendet worden. Die Kirchen Kölns hatten sich am Samstag unter dem Motto "Unser Kreuz hat keine Haken" an den Protesten gegen den AfD-Parteitag beteiligt.
Hampel, der auch Bundesvorstandsmitglied der Partei ist, warf den Kirchen vor, die Errungenschaft des christlichen Glaubens - die Botschaft der Liebe und die Botschaft des Vergebens - in ihren Agitationen gegen die AfD verdreht zu haben. Einen Antrag seines Landesverbandes über einen Entzug des Status der Kirchen als Körperschaft des öffentlichen Rechts begründete Hampel unter anderem mit einer angeblich mangelnden Rechtstreue der Kirchen, was sich beispielsweise an der Gewährung von Kirchenasyl zeige.
Die AfD-Vorsitzende Petry warf den Kirchen Einseitigkeit und Parteilichkeit vor. Das sei ein "Armutszeugnis" im 500. Jubiläumsjahr der Reformation. Für kirchliche Amtsträger gelte offenbar, was für Ideologen jeder Couleur richtig sei: Fakten störten die Ideologie, sagte sie. Ein Antrag, die Abschaffung der Kirchensteuer in das Programm zur Bundestagswahl aufzunehmen, wurde am Sonntag abgelehnt.
Kölner Kirchen hatten am Samstag den Protest des Bündnisses "Köln stellt sich quer - kein Rassismus bei uns in Köln" gegen den AfD-Parteitag unterstützt. Der Kölner Stadtsuperintendent Rolf Domning hatte den Missbrauch christlicher Symbole durch die AfD scharf kritisiert: "Dagegen verwehren wir uns in aller Form!" Der Kölner Sozialpfarrer Franz Meurer forderte angesichts der rechtspopulistischen Partei zu mehr Solidarität in der Gesellschaft auf. Insgesamt hatten am Samstag mehr als 10.000 Menschen in Köln für Toleranz und gegen Ausgrenzung und Fremdenfeindlichkeit demonstriert.