Schäfer starb unerwartet im Alter von 57 Jahren während eines Treffens der evangelischen Auslandspfarrer in Prag, wie die Bischofskanzlei Greifswald mitteilte. Der Verstorbene war lange Jahre Obmann für die Posaunenarbeit in der Pommerschen Evangelischen Kirche. "Wo Hans-Ulrich Schäfer sich aufhielt, da wurde musiziert", sagte Bischof Hans-Jürgen Abromeit. Sein Humor und sein Spaß an der Musik seien ansteckend gewesen. "'HUS', wie er hier genannt wurde, hatte die Gabe, unvoreingenommen und geradeheraus auf Menschen zugehen zu können."
Hans-Ulrich Schäfer war von 1998 bis 2015 Pastor der Kirchengemeinde Usedom. Von dort aus setzte er sich unermüdlich für die Posaunenmusik ein - zunächst auf der Insel, später in der Pommerschen Kirche. Mit Gründung der Nordkirche 2012 weitete sich sein Tätigkeitsbereich auf Mecklenburg-Vorpommern aus. 2015 übernahm er die Pfarrstelle der Deutschen Evangelisch-Lutherischen Kirche in der Ukraine (DELKU) in Kiew von seinem Vorgänger Ralf Haska.
In Kiew war die Gemeinde St. Katharina in einen Konflikt zwischen dem Bischof der Deutschen Evangelisch-Lutherischen Kirche in der Ukraine (DELKU), Serge Maschewski, und einigen lutherischen Gemeinden geraten. Die bayerische Landeskirche hatte die Zusammenarbeit mit der evangelischen Kirche in der Ukraine im Sommer 2015 aufgekündigt. Hintergrund war laut Kirchenrat Ulrich Zenker ein Streit über Mieteinnahmen aus dem "Deutschen Zentrum" in Odessa, das hauptsächlich mit Fördergeldern aus der bayerischen Partnerkirche errichtet worden war. Außerdem habe der Bischof seinem kirchlichen Finanzchef vorgeworfen, Gelder veruntreut zu haben, woran auch die bayerische Landeskirche eine Mitschuld trage. Diese Vorwürfe wies Zenker entschieden zurück.
Das Vertrauensverhältnis mit der ukrainischen Kirchenleitung um Bischof Maschewski sei nachhaltig gestört, erklärte Ulrich Zenker damals gegenüber der Presse. Zenker ist im Landeskirchenamt für die Partnerschaften der bayerischen Protestanten mit lutherischen Minderheitskirchen in Osteuropa und Russland zuständig.
Pfarrer Hans-Ulrich Schäfer hatte im Dezember gegenüber evangelisch.de gesagt, er fühle sich sowohl von der Deutschen Botschaft in der Ukraine als auch von der bayerischen Landeskirche und der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) unterstützt. "Ich bin nicht DELKU-Pfarrer, sondern EKD-Pfarrer", sagte Schäfer damals, das gebe ihm "Distanz und Leichtigkeit". Er sollte das Pfarramt in St. Katharina nur übergangsweise von Oktober 2015 bis August 2016 bekleiden.
