Der 57-Jährige war erst 2011 für acht Jahre in das Amt berufen worden. Er wolle sich in Zukunft stärker auf inhaltliche, schriftstellerische und verkündigende Arbeit konzentrieren, teilte der Verein am Donnerstag in Kassel mit. Werner beendet seine Tätigkeit am 31. März. Der CVJM ist mit rund 45 Millionen Mitgliedern die weltweit größte christliche Jugendorganisation. In Deutschland hat der Verein rund 330.000 Mitglieder.
Der aus Duisburg stammende Werner studierte in Marburg und wurde in den Fächern Afrikanistik und evangelische Theologie promoviert. Er gründete 1982 in Marburg die ökumenische Gemeinschaft "Christus-Treff", war 16 Jahre lang Vorsitzender des Jugendkongresses "Christival" und hat neben anderen Büchern eine eigene Übersetzung des Neuen Testaments herausgebracht. Seit 2013 ist er zudem Vorsitzender des evangelikalen Vereins "ProChrist".