Im Mittelpunkt des Filmes stehen der evangelische Theologe Dietrich Bonhoeffer (Matthias Koeberlin) sowie der katholische Dominikanerpater Laurentius Siemer (Nikolaus Kühn). In mehrere Handlungssträngen werden das Wirken, aber auch die Zweifel der beiden Theologen gezeigt.
Koeberlin sagte dem epd am Rande der Dreharbeiten, für ihn sei das Doku-Drama "ein wichtiger Film in einer Zeit, in der jüdische Mitbürger und Politiker bedroht werden und andere die Nazi-Zeit als Fliegenschiss relativieren wollen." Völkischen Tendenzen müsse auch aktuell widerstanden werden. Gleichwohl sei die heutige Zeit nicht mit der Situation Bonhoeffers zu vergleichen. Ihm imponiere am Theologen Bonhoeffer, dass er noch weit vor anderen "die dunklen Wolken" gesehen haben und mutig in den Widerstand gegangen sei.
Der Dominikaner-Provinzial Laurentius Siemer aus dem katholischen Widerstandsnest Vechta habe ebenfalls Haltung bewahrt und sei nicht korrumpierbar gewesen, sagte Siemer-Darsteller Kühn: "Stille Helden wirken im Hintergrund, ohne dass man ihr Wirken offen erkennt."
Produzent Thorsten Neumann betonte, er wolle die vielschichtige Reaktionen in den christlichen Kirchen zeigen: "Bonhoeffer und Siemer hatten gemeinsam die Überzeugung, dass es nicht so weitergehen könne." Und nicht nur in der evangelischen Kirche habe es mit der von Bonhoeffer unterstützten Bekennenden Kirche einen widerständigen Kreis gegeben.
In der zentralen Szene des Doku-Dramas geht es um das richtige Verhalten im Falschen: Bonhoeffer sitzt mit dem Vertrauten des späteren Hitler-Attentäters Claus Schenk Graf von Stauffenberg, Werner von Haeften (Philippe Goos), bei Kaffee und Kuchen. "Soll ich schießen? Ich habe die Gelegenheit, Hitler zu beseitigen", lässt Regisseur Ingo Helm ihn fragen. "Ohne Schuld kommst du hier nicht raus", entgegnet Bonhoeffer. Es gebe auch die Schuld, nicht zu handeln.