Töpfer ist einer von zwei Vorsitzenden des Nationalen Begleitgremiums zur Endlagersuche. Die zurzeit zwölf Mitglieder des Gremiums sollen darauf achten, dass die Öffentlichkeit am Suchprozess beteiligt wird, also betroffenen Bürgerinnen und Bürgern Gehör und Beachtung verschaffen. Das Gremium wird nach der Sommerpause auf 18 Personen aufgestockt.
Bei dem Suchverfahren seien Sorgfalt und Vertrauen wichtiger als ein bestimmter Zeitrahmen. Es gehe deshalb "nicht darum, dass wir einen bestimmten Termin einhalten", betonte Töpfer: "Es ist wichtig, dass nicht der Fehler gemacht wird, zuerst einen Standortvorschlag zu erarbeiten und dann die Akzeptanz bei der Bevölkerung zu suchen." Nach dem im vergangenen Jahr novellierten Standortauswahlgesetz soll der Standort für ein Endlager bis 2031 gefunden sein. Viele Experten haben aber bereits Zweifel geäußert, dass dieser Termin eingehalten werden kann.
Gleichzeitig verteidigte Töpfer die Entscheidung des Bundestages, den umstrittenen Salzstock Gorleben im Suchverfahren zu belassen. Es sei richtig, bei der Suche von einer "weißen Landkarte" auszugehen und keine Region von vornherein auszuschließen. Er kenne die Argumente, die gegen eine Eignung Gorlebens sprächen, fügte Töpfer hinzu: "Das Verfahren kann ja auch genau zu diesem Ergebnis führen, dass Gorleben nicht geeignet ist." Atomkraftgegner verlangen dagegen einen Ausschluss des Salzstocks im Wendland aus dem Prozess. Sie halten den Standort für geologisch ungeeignet und "politisch verbrannt". Gorleben wurde bislang als einziger möglicher Endlager-Standort umfassend untersucht.
