Für die Gemeinde gehen damit fast zwei Jahre des Provisoriums zu Ende, nachdem im Herbst 2014 der nur geliehene Paulineraltar von der Thomaskirche in die künftige Aula und Universitätskirche St. Pauli überführt worden war.
Der von dem sächsischen Architekten Constantin Lipsius (1832-1894) geschaffene neugotische Jesus-Altar war in den 1960er Jahren aus Gründen des damaligen Geschmacks aus der Thomaskirche entfernt worden. Erhalten ist allerdings nur der obere Teil, das Retabel. Es ist aus Eichenholz geschnitzt, vergoldet und korrespondiert mit den Buntglasfenstern im Chorraum. Der Unterbau wurde vermutlich weggeworfen, weshalb nun ein neuer angefertigt werden musste.
Um dessen Ausgestaltung haben die Gemeinde und das Landesamt für Denkmalpflege in Sachsen mehr als ein Jahr gerungen. Während die Denkmalschützer einen möglichst originalgetreuen Nachbau forderten, wollte die Kirchgemeinde moderne Akzente setzen. Herausgekommen ist ein Kompromiss: Vor allem die Form des Unterbaus ähnelt dem Original. Mit den Materialien wurden aber auch moderne Akzente gesetzt.
Die Kosten für den neuen Altartisch und die Restaurierungsarbeiten am Retabel beliefen sich der Kirchgemeinde zufolge auf rund 60.000 Euro. Fast die gesamte Summe wurde über Spenden gedeckt. Die Architektin des Unterbaus, Gabriele Weis, arbeitete ehrenamtlich.