"Bischöfe, die an Vertuschungen beteiligt waren, sollten ihr Amt verlieren oder zurücktreten", sagte Mertes, der 2010 den Missbrauchsskandal in der katholischen Kirche öffentlich gemacht hatte, dem "Kölner Stadt-Anzeiger" (Freitagsausgabe). Konkret nannte er den Präfekten der römischen Glaubenskongregation und designierten deutschen Kardinal Gerhard Ludwig Müller. Als Bischof von Regensburg habe Müller "an höchster Stelle vertuscht und vernebelt".
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Statt sein Amt zu verlieren, klettere er "mir nichts, dir nichts auf der römischen Karriereleiter nach oben", kritisierte Mertes. Er halte es vor allem für die Opfer für unerträglich, dass Müller "einfach weiter macht, als wäre nichts gewesen". Das Bistum Regensburg hatte in Müllers Amtszeit einen Priester trotz einer Vorstrafe wegen Kindesmissbrauchs erneut in einer Gemeinde eingesetzt. Dort verging sich der Geistliche erneut an Kindern.
Den Vatikan sieht Mertes anders als die katholische Kirche in Deutschland erst am Anfang einer gründlichen Aufarbeitung der Ursachen für sexuellen Missbrauch. Es fehle in Rom "immer noch an der Bereitschaft, sich dem Problem in seiner ganzen Tiefe zu stellen". Das Kernproblem sei die Unabhängigkeit der Aufklärung und der Aufklärer: Der Vatikan müsse sich "in den fraglichen Fällen einer externen Prüfung stellen, also unabhängigen Ermittlern und Gutachtern".
Für überzogen und teilweise unsachlich hält Mertes die Kritik des UN-Kinderrechtsausschusses am Umgang des Vatikans mit Fällen sexuellen Missbrauchs. Der Bericht mixe "alles zusammen, was an Vorbehalten gegenüber der katholischen Kirche herumwabert", sagte der Jesuit. Zugleich enthalte der Bericht aber "immer noch genügend berechtigte Kritik" am Vatikan.
