Schäfer war unter anderem vom Zentralrat der Juden in Deutschland kritisiert worden. Am Dienstag hatte Zentralrats-Präsident Josef Schuster via Twitter Schäfer indirekt vorgeworfen, seiner Aufgabe nicht mehr gewachsen zu sein. "Das Vertrauen der jüdischen Gemeinschaft hat die Leitung des Hauses verspielt", heißt es in dem Tweet Schusters. Hintergrund war ein Tweet des Museums in der vergangenen Woche. Darin wurde auf einen Artikel der "tageszeitung" über eine Erklärung von 240 israelischen und jüdischen Wissenschaftlern verwiesen, die gegen den Anti-BDS-Beschluss des Bundestages Stellung bezogen hatten. BDS fordert den Boykott Israels wegen der Besatzungspolitik.
In der Berliner "tageszeitung (taz)" (Samstag) legte Schuster nach. "Ich habe kein Verständnis, dass eine Institution, die sich jüdisch nennt, Kritik an dem Bundestagsbeschluss retweetet", sagte Schuster der taz. "Das Museum ist keine politische Institution. Es sollte zu aktuellen politischen Fragen keine Stellung beziehen." Schäfer hatte dagegen am Donnerstag auf die Kritik am Museum betont, es sei Aufgabe des Hauses, ein Forum für Diskussionen auch über strittige Fragen anzubieten. Schäfer bedauerte den Tweet, verwies aber zugleich darauf, dass es sich dabei lediglich um eine Leseempfehlung in einer notwendigen Debatte gehandelt habe.
Schuster sagte der taz, er fände es "nicht schlecht, wenn es künftig eine jüdische Leitung im Jüdischen Museum Berlin gibt". Dies sei "nicht zwingend". Aber das Jüdische müsse im Haus "mehr Einfluss haben", so Schuster. Das Museum war bereits in der Vergangenheit wiederholt in der Kritik unter anderem der Jüdischen Gemeinde Berlin und der israelischen Regierung. Ihrer Ansicht nach wird die jüdische Perspektive in dem Haus nur unzureichend repräsentiert.