Er bezog sich auf Diskussionen über ein Verbot von öffentlichen Gebeten muslimischer Schüler am Johannes-Rau-Gymnasium in Wuppertal. Bouaissa regte die Einrichtung von Andachtsräumen in Schulen an, die auch Angehörigen anderer Religionsgemeinschaften offenstehen. Ein Gebetsverbot hält er für rechtlich "nicht haltbar". Der Zentralrats-Vertreter verwies zudem darauf, dass das muslimische Mittags- und Nachmittagsgebet, das in die Schulzeit fallen könne, nur wenige Minuten dauere und in andächtiger Stille vollzogen werde.
In der vergangenen Woche war ein Schreiben der Schulleitung des Johannes-Rau-Gymnasiums bekanntgeworden, in dem muslimischen Schülern das öffentlich sichtbare Beten untersagt wird. Es sei zunehmend beobachtet worden, dass Schüler etwa Gebetsteppiche ausrollten und rituelle Waschungen in den Toiletten vornehmen, hieß es darin. Die Bezirksregierung Düsseldorf als Schulaufsichtsbehörde hatte Medienberichten zufolge erklärt, einige Lehrer und Schüler hätten sich durch die öffentlichen Gebete bedrängt gefühlt. Die Schulleitung dürfe die Religionsfreiheit einschränken, um den Schulfrieden zu sichern. Das Beten sei aber weiterhin möglich, wenn es den Schulbetrieb nicht beeinträchtige.